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El PSI-BLAST se caracteriza por: NO hay respuestas disponibles. NO hay respuestas disponibles.

Tienes un DNA. Quieres saber qué proteína de la base de datos principal (“nr,” la base de datos no redundante) se parece a las posibles proteínas que codifique tu DNA. ¿Qué programa deberías usar?. BLASTN. BLASTP. BLASTX. TBLASTN. TBLASTP.

Tras obtener los datos de expresión de un chip de Affimetrix, estos se procesan por un método denominado RMA que consiste en corrección de fondo, normalizado y sumarizado. ¿En qué consiste el sumarizado?. Obtener la media de expresión de las distintas sondas correspondientes a un determinado gen. Obtener la media de expresión de las sondas correspondientes a todos los genes.

Si PROSITE nos devuelve el patrón [AD]-x-V-x(2)-{EV}, ¿cuál de las siguientes secuencias NO se corresponde con él? (Las secuencias me las he inventado) *la secuencia que había que marcar era CARVNE, con otro patrón*. AEVPKG. AVVLAQ. AEVLGE. DGVYEA.

¿Cuál de las siguientes informaciones NO se encuentra en un fichero BLASTQ?. La posición específica de cada secuencia en el genoma de referencia. La posición específica de cada secuencia en la sonda de la librería. La calidad del “read. El número de “reads.

Bowtie. No hay respuestas disponibles. No hay respuestas disponibles.

¿Cuál es el significado de un punto en la representación gráfica “MA plot”?. El nivel de expresión medio de un gen en una muestra frente al nivel de expresión medio del mismo gen en otra muestra. El nivel de expresión medio de un gen en una muestra frente a su significación estadística. El nivel de expresión medio de un gen entre todas las muestras frente al nivel de expresión diferencial entre las muestras.

¿Qué no puedes hacer/ Qué dato no puedes obtener con una matriz de PROSITE?. Conocer el número de veces que aparece un aminoácido en una posición del alineamiento. Conocer el patrón asociado al alineamiento. Reconstruir el alineamiento de las secuencias de partida. Conocer dominios similares a la secuencia del alinemiento.

¿Qué son los nodos de inserción?. Posiciones muy conservadas en una secuencia. Posiciones muy poco conservadas en una secuencia. La secuencia correspondiente a la inserción de los Modelos Ocultos de Markov. La inserción de una secuencia poco conservada entre dos dominios conocidos.

¿Cuál de las siguientes frases describe mejor la diferencia entre un alineamiento global y un alineamiento local entre dos secuencias?. El alineamiento global se utiliza para secuencias de DNA mientras que el local se utiliza para secuencias de proteínas. El alineamiento global presenta huecos mientras que el local no. El alineamiento global alinea toda la secuencia mientras que el local encuentra la mejor subsecuencia que alinea y da puntuaciones mayores. El alineamiento global se usa con cromosomas enteros mientras que el local se utiliza para genes concretos.

¿De qué NO depende la distancia de Hamming. Del número de cambios que se producen en la secuencia. De la longitud de la secuencia. Del tipo de secuencia (si es ADN o proteína).

¿Cuál de los siguientes alineadores se sirve de datos de la estructura tridimensional de la proteína para realizar el alineamiento?. T-Coffee. Expresso. MUSCLE. Clustal.

Escoja la frase correcta sobre los algoritmos Neighbour-Joining y Unweighted-Pair Group Method with Arithmetic mean: Los dos provienen de una aproximación del algoritmo Fitch-Margoliash. NJ está basado en caracteres mientras que UPGMA está basado en distancias. No serían ninguna de estas.

¿Cuáles de las siguientes matrices se consideran equivalentes para realizar alineamientos de secuencias?. BLOSUM 62 y PAM 250. BLOSUM 80 y PAM 250. BLOSUM 40 y PAM 250.

¿Qué característica describe mejor los microarrays de Affimetrix?. Algo raro de 250 posiciones. sadfsdfsa. Se trata de un chip con 25 sondas para cada gen con 11 nucleótidos cada una. Se trata de un chip con 11 sondas para cada gen con 25 nucleótidos cada una.

¿Para qué es necesario normalizar los datos de expresión de un chip de Affimetrix?. No hay respuestas disponibles. No hay respuestas disponibles.

RefSeq vs GenBank (pevsner). a. b. c. d.

En el ámbito de los pHHMs, ¿qué es el lod score?. NO hay preguntas disponibles. No hay preguntas disponibles.

¿Qué es un perfil?. No hay preguntas disponibles. No hay preguntas disponibles.

Una vez obtenida la tabla de valores de expresión de MicroArrays para diferentes muestras, ¿cuál de las siguientes es FALSA?. El clustering jerárquico se puede hacer por genes y/o por grupos. Para hacer clustering jerárquico no hace falta calcular distancias previamente. El clustering jerárquico se hace con algoritmos similares a los de árboles filogenéticos. Una vez hecho el clustering jerárquico se puede “cortar” el dendrograma en distintos puntos para quedarnos con un número definido de grupos.

Los bit scores se calculan en función de: La longitud de la secuencia. La longitud de la base de datos. La longitud de la secuencia y de la base de datos. La matriz de sustitución y los gap costs.

Cómo se hace la búsqueda de words en BLAST. Se encuentran los hits mayoritarios y se extiende para encontrar secuencias similares. Otras.

Experimento ChipSeq o Chip on Chip. No hay respuestas disponibles. No hay respuestas disponibles.

¿Para qué queremos comparar los resultados de NGS con un genoma de referencia?. No hay respuestas disponibles. No hay respuestas disponibles.

¿Cuál de las siguientes frases sobre Clustal es correcta?. El alineamiento que efectúa Clustal no tiene por qué ser óptimo. Otra.

¿Cuál de estos cambios de parámetros a la hora de hacer un BLAST puede reducir el número de resultados obtenidos?. Aumentar el E-valor. Aumentar el tamaño de las palabras W. Disminuir el umbral de vecindad T. Disminuir el E-valor.

¿¿Tiling microarray y separación/solapamiento de sondas???. No hay respuestas disponibles. No hay respuestas disponibles.