Exàmen TDR

En la técnica Reverse-two-hybrid... Son necesarios el binding domain y el activating domain unidor respectivamente al cebo y la presa. La supervivencia de las levaduras es debido a un tercer compuesto que interrumpe la interacción entre el bait y el prey. Todas las respuestas son ciertas. Se detecta la mortalidad de las levaduras sometidas al proceso cuando hay interacción entre las proteínas testadas.

En las plantas, la introducción de un nuevo DNA se puede realizar mediante... Mediante el método de choque térmico + cloruro de calcio con protoplastos. Vectores basados en virus de bacterias. Vectores basados en plásmidos naturales de bacterias. Transferencia indirecta de genes.

Los mapas de restricción... Sirven para averiguar la secuencia de la diana de restricción gracias a la electroforesis. Ninguna de las respuestas es cierta. Sirven para averiguar cuantas dianas de restricción hay en un vector para una enzima de restricción determinado. Para resolverlo completamente tan solo es necesario separar los fragmentos generados por las digestiones individuales de los enzimas.

El péptido alfa es: Un inhibidor de la beta-galactosidasa. Un monómero de la beta-galactosidasa. Una subunidad de la beta-galactosidasa. Un fragmento de la beta-galactosidasa.

¿ Cuál de estas asociaciones NO está justificada?. Adaptadores y secuenciación masiva. PCR y sondas TaqMan. Electroforesis capilar y detector de fluorescencia. Secreción de proteínas clonadas y Sybr-green.

Indica cual de las suposiciones es falsa: El enzima 1 podría ser una enzima de restricción. El enzima 4 podría ser una metilasa. El enzima 3 podría ser una ligasa. El enzima 2 podría ser una fosfatasa.

Si utilizamos un vector derivado del fago P1... La unión de dos brazos cortos a los extremos del inserto da lugar a un DNA recombinante que podrá ser empaquetado. Todas las respuestas son ciertas. El sitio pac es reconocido por el enzima pacasa y servirá para empaquetamiento del DNA en la cabeza del fago. La unión de dos brazos largos a los extremos del inserto da lugar a un DNA recombinante que no podrá ser empaquetado.

¿Qué NO necesitas para hacer una PCR de un fragmento de DNA?. Primers específicos. DNA polimerasa termoestable. 4 dNTPs. Retrotranscriptasa.

En el método de secuenciación de Ion Torrent por semiconducción... Se utilizan didesoxinucleótidos marcados con fluorescencia. Se utilizan tanto desoxinucleótidos como didesoxinucleótidos. Sólo necesitas utilizar los desoxinucleótidos, los didesoxinucleótidos no son necesarios. Ninguna de las respuestas es cierta.

¿Cuál de estas enzimas NO se usa en la pirosecuenciación?. Sulfurilasa. DNA polimerasa. Luciferasa. Esterasa.

Un vector tipo Mini Ti... Ninguna de las respuestas es cierta. Necesita un fago Ti helper para infectar Agrobacterium tumefaciens. Contiene los mismos elementos que un vector desarmado derivado del plásmido Ti pero admite insertos más pequeños. Necesita un fago Ti helper para que la planta pueda ser transformada.

¿Cuál de estas respuestas NO es una aplicación de la PCR?. Comprobar que un fragmento de DNA se ha insertado en un vector y se ha transformado en una bacteria. Amplificar un fragmento o secuencia de DNA. Averiguar cuantas copias de DNA contiene una bacteria recombinante. Todas las aplicaciones son correctas.

El vector más adecuado para clonar un fragmento de 6Kb es: Un YAC. Un fago lambda. Un BAC. Un cósmido.

Una desventaja de la técnica de electroporación es... Que es necesario tener un aparato específico para crear el campo eléctrico. Que puede provocar daño celular. Todas las respuestas son ciertas. Que puede causar transporte inespecífico a través de la membrana celular.

Un gen de referencia o housekeeping gene es... Un gen que permite hacer una cuantificación absoluta, utilizando una recta patrón. Un gen cuya expresión en la condición experimental no varía frente la condición normal, y sirve para normalizar los resultados de la PCR a tiempo real. Un gen, la Ct del cual adquirirá el valor de 1, para que sirva de referencia para el gen de interés, que tendrá valores por encima o por debajo de 1. Un gen que siempre se mantiene estable, y sirve para normalizar los resultados de la transcripción reversa.

En el método de secuenciación Sanger por electroforesis capilar... Se utilizan tanto desoxinucleótidos como didesoxinucleótidos. Ninguna de las respuestas es cierta. Sólo necesitas utilizar los didesoxinucleótidos marcados con fluorescencia, los desoxinucleótidos no son necesarios. No se utilizan didesoxinucleótidos marcados con fluorescencia.

Indica qué tipo de vector se trata y donde clonarías el inserto. Fagémido. Clonaría en el gen de resistencia al cloranfenicol (CmR). Cósmido. Clonaría en el MCS. Fagémido. Clonaría en el MCS. Cósmido. Clonaría en el gen de resistencia al cloranfenicol (CmR).

En el empaquetamiento in vitro el DNA... Todas las respuestas son ciertas. Necesitamos todas las proteínas de la cápside y a cola en una solución. Pretendemos introducir el DNA en una partícula vírica que posteriormente inyecte el DNA a una célula. Una endonucleasa reconocerá uno de los extremos del DNA y lo introducirá en la cápside.

Un vector de 3 Kb y un inserto de tamaño desconocido fueron digeridos con las enzimas de restricción A y B, y después ligados para crear un vector recombinante. El vector recombinante fue después digerido con las enzimas A y B y con una enzima de restricción C, cuya diana no está en el vector. Los tamaños de los fragmentos de restricción obtenidos en las diferentes digestiones se muestran en la tabla. Indica cual de las respuestas es falsa. Te recomiendo que dibujes el mapa de restricción para responder a esta pregunta. El tamaño del inserto es 4 Kb. La digestión doble con A y B generará dos fragmentos de restricción, uno de ellos de 3 Kb. La diana de C está más cerca de la de A que de la diana de B. La digestión doble con B y C permitirá escindir el inserto del vector.

Los enzimas de restricción... No son capaces de cortar una diana de restricción que esté metilada. Tienen un enzima “hermano” que, en vez de cortar, metila el DNA en la secuencia diana. Todas las respuestas son ciertas. Son enzimas que en la naturaleza protegen a las bacterias de infecciones víricas.

Indica de qué tipo de vector se trata y donde clonarías el inserto con la información que tienes: Fagémido. Clonaría en el gen de resistencia a la ampicilina. Fagémido. Clonaría en el MCS. Cósmido. Clonaría en el gen de resistencia a la ampicilina. Cósmido. Clonaría en el MCS.

La técnica de la réplica del heteroduplex de mutagénesis dirigida... Nos permite cambiar una base o hacer pequeñas inserciones y delecciones. Sólo nos permite cambiar una base. Utiliza vectores derivados del fago lamda. Utiliza cualquier vector de doble cadena.

Sabiendo que la imagen refleja la técnica de yeast two hybrid, identifica cada elemento de la figura: Ninguna de las anteriores. 1: Prey/presa; 2: Gal4 BD; 3: Gal4 AD; 4: Cebo/bait; 5: Fragmento insertado. 1: Gal4 BD; 2: Prey/presa; 3: Cebo/bait; 4: Gal4 AD; 5: Fragmento insertado. : Gal BD; 2: Cebo/bait; 3: Prey/presa; 4: Gal4 AD; 5: Gen reportero.

Entre las características esenciales de los vectores de clonación encontramos... Contiene elementos para la selección de las bacterias transformadas. Todas las respuestas son ciertas. Contienen su propio origen de replicación. Que contenga dianas de restricción únicas.

El método de selección usando el fenotipo SPI se basa en que: El cambio de Spi+ a Spi- hace que el recombinante pueda infectar células que transportan el profago P2. Es necesario eliminar los genes involucrados en la recombinación e inserción, genes red y gam. El fago lamda normalmente no puede infectar células de E. coli que posean un profago lisógeno conocido como P2. Todas las respuestas son ciertas.

Indica cual de las respuestas es falsa sobre los métodos de selección por inactivación de un marcador... Si se utiliza el gen LacZ la inserción de un fragmento producto la activación del operón. Este método detecta la ausencia de una característica que antes si estaba presente. Los marcadores comúnmente usados son genes que confieren resistencia a antibióticos. La mayoría de los vectores de clonación son diseñados de manera tal que la inserción de un fragmento de ADN dentro del plásmido destruye la integridad de uno de los genes presentes en ese vector.

Indica cual de las afirmaciones es cierta sobre el sistema de selección de bacterias blancas/azules. Los vectores utilizados suelen contener el péptido ω. Las bacterias huésped suelen contener el péptido α. Cuando un vector que contiene la secuencia de los primeros 59 residuos de β-galactosidasa, se transforma en células lacZΔM15, forman una enzima β-galactosidasa funcional. Las colonias blancas son las que tienen el vector sin inserto.

En el método de secuenciación de Roche 454 por pirosecuenciación... Se utilizan tanto desoxinucleótidos como didesoxinucleótidos. Ninguna de las respuestas es cierta. Sólo necesitas utilizar los desoxinucleótidos, los didesoxinucleótidos no son necesarios. Se utilizan didesoxinucleótidos marcados con fluorescencia.

Los vectores derivados de fagos filamentosos como M13 i f1... Se suelen usar para el empaquetamiento in vitro mezclando extractos de proteínas de la cápside y la cola de los fagos. Provocan lisis celular y por eso los podemos aislar del medio. No permiten la obtención de la molécula de DNA recombinante en forma de doble cadena. Son muy útiles cuando se quiere secuenciar el DNA recombinante porque permiten la obtención del DNA de cadena sencilla.

Las enzimas de restricción... Reconocen secuencias concretas del DNA de doble cadena. Reconocen y cortan secuencias de DNA de cadena simple. Ninguna de las respuestas es cierta. Reconocen secuencias concretas de DNA de cadena simple.

¿Cuál de estos conceptos NO está relacionado con las técnicas de secuenciación masiva?. Didesoxinucleótidos terminadores. Electroporación. micropHímetro. PCR en emulsión.

El tratamiento con el enzima fosfatasa se utiliza cuando cortamos el vector y el inserto con enzimas de restricción... Para tratar los insertos y evitar que formen concatámeros que se empaquetarían. Como a estrategia para evitar que fragmentos de DNA, inserto o vector, se vuelvan a unir entre sí. Nunca, ya que entonces inserto y vector no se podrían a unir entre sí. Para añadir los grupos fosfato que han estado previamente eliminados y permitir que se puedan unir fragmentos de DNA.

El gen TetR contenido en muchos vectores codifica para: El gen que codifica para un enzima que degrada o inactiva la tetraciclina. El gen que codifica para un enzima implicado en la síntesis de tetraciclina. El antibiótico tetraciclina. Ninguna respuesta es cierta.

En la expresión de proteínas recombinantes en levaduras: Algunos de los promotores más usados son GAL1, AOX1 o LAC4. Es necesario introducir el gen de interés en el vector junto a un promotor fuerte y regulable. Todas las respuestas son ciertas. Es necesario introducir el gen de interés junto a un promotor fuerte y regulable en el genoma de la levadura, si usamos vectores de integración cromosómica.

Con la técnica cell surface display... Podemos hacer estudios de afinidad de proteínas por sus receptores. Podemos producir bioadsorbentes sin necesitar organismos enteros. Podemos producir vacunas orales. Todas las respuestas son ciertas.

Para hacer mutagénesis dirigida mediante PCR... Es necesario usar una transcriptasa reversa. Se debe realizar varias PCR para obtener el producto final con la mutación. Se necesitan siempre 4 o más cebadores. Ninguna de las respuestas es cierta.

Indica cuál de las respuestas es falsa. Sólo los métodos Southern y Northern necesitan una electroforesis inicial, en el Western, como se pretende identificar proteínas, no es necesario. En el método de Southern, la sonda esta en solución y sus dianas está inmovilizadas en una membrana. En el método Northern se basa en la transferencia de RNA separado en geles de agarosa hasta una membrana. En el método de Southern las dianas no están marcadas, pero las sondas sí.

En los sistemas de modificación-restricción de bacterias: La actividad de restricción de este sistema no corta la secuencia que reconoce, sino a una distancia de unas 25pb. La actividad de restricción de este sistema corta las dos cadenas de ADN. Una metilasa y su correspondiente enzima de restricción reconocen de forma específica la misma secuencia. Las actividades de metilación y restricción son necesarias para que la bacteria no corte su propio genoma.

La lipofection es un método... Para introducir ADN en células, basado en la infección por virus (que se adhiere a la bicapa lipídica). Para introducir lípidos en células, basados en la creación de microporos en la membrana. Para introducir ADN en celulares eucariotas, basado en vesículas de lípidos catiónicos. Para introducir ADN en procariotas, basado en vesículas de polímeros aniónicos.

Cuando pretendemos aumentar la termoestabilidad de una proteína modificando el número de puentes disulfuro... Hay que eliminar los tripletes de nucleótidos que codifican para residuos de triptófano. Hay que comprobar que la funcionalidad de la proteína se mantenga después de la modificación. Hay que eliminar los tripletes de nucleótidos que codifican para residuos de cisteína. No podemos cambiar la termoestabilidad de una proteína modificando el número de puentes disulfuro.

Entre las caracteristicas de las fagemidos encontramos.... Son plasmidios a los que se les ha incorporado el origen de replicación de un Fago filamentoso M13 o f1. Solo necesitan contener el origen de replicacion del plasmidio. Han perdido la capacidad de producir ADN monocatenario de las fagos filamentosos. Ninguna de las respuestas es cierta.

Los plasmidios pUC presentan ventaja frente a otros como pBR322 porque... Contienen un gen que presenta resistencia a la ampicilina. Todas son ciertas. Contienen un MCS. Contiene un origen de replicacion para procariotas.

En la replicacion por Rolling cercle... La endonucleasa A reconoce reconoce el sitio COS y corta para producir DNA fagos independientes que seran empaquetados. Primero se produce un corte en una de las cadenas por una nucleasa para iniciar la replicacion. Todas son ciertas. La replicacion se produce un concatamero de DNA fagicos.

Para Introducir el DNA recombinante en un vector tipo cosmido en una celula solemos... Ninguna de las respuestas es cierta. Permeabilizamos la membrana plasmatica mediante elementos químicos. Realizar empaquetamiento in vitro. Introducirlos por electroporacion.

El factor Xa que se encuentra a veces detras de una etiqueta (Tag) en un vector de expresion. Es una region de reconocimiento de proteasa. Ninguna de las respuestas es cierta. Permite la union de las etiquetas a la columna de cromatografia por afinidad. Es una region de reconocimiento por nucleasa.

Los cromosomas artificiales de levadura... Ninguna de las respuestas es cierta. Contienen origen de replicacion autonomo ARS1, centromero y un marcador de seleccion en alguno de los brazos del cromosoma. Contienen origen de replicacion autonomo ARS1, centromero, telomero y un marcador de seleccion en alguno de los brazos del cromosoma. Contienen origen de replicación aut6nomo ARS1, centrmero, tel6mero y un marcador de selección en cada uno de los brazos del cromosoma.

Queremos clonar una serie de fragmentos de DNA en E. Coli. Dadas las caracteristicas de cada inserto, elige el vector mas adequado para clonar: 1. Inserto de 350kb; 2. Inserto que despues queremos secuenciar; 3. Inserto que formaran una librera de genoma eucariotico. BAC, Cosmido, Fagemido bluescript. BAC, Fagemido, Cosmido. Vector derivado de lambda, Fagemido, Vector derivado de M13. Vector derivado de lambda, Fagemido, Cosmido.

Los vectores derivados del fago lambda por sustitucion... No tienen restriccion de tamaño porque sustituyen regiones del propio fago. No requieren el uso de enzimas de restricción para incorporar el ADN. Pueden admitir insertos de ADN mas grandes que los vectores de inserción. Ninguna de las respuestas es cierta.

Cuando realizamos una PCR a tiempo real... Todas son ciertas. Solo se utiliza un cebador. Los dos cebadores forward I reverse se uniran a la misma cadena. El cebador forward o reverse se unirá a una cadena y el otro a la complementaria.

En el metodo de secuenciación Ilumina (Solexa)... Ninguna de las respuestas es cierta. Solo se necesita utilizar los desoxidonucleótidos marcados con fluorescencia, los didesoxidos no son necesarios. Se utilizan tanto los didesoxinuxleótidos como los terminadores marcados con fluorescencia. Solo se utilizan nucleótidos terminadores marcados con fluorescencia.

En el metodo del ion torrente por semiconducción... Todas las respuestas son ciertas. Se cuantifican los cambios de pH producidos al añadir una base a la cadena creciente y liberar un H+. La eliminación de los nucleótidos no unidos se realiza mediante lavados. Se añaden los nucleótidos de forma secuencial.

En el metodo de secuenciaci6n de Roche 454 por pirosecuenciación... La eliminación de los nucleótidos no unidos la realiza la luciferasa. Ninguna de las respuestas es cierta. Se cuantifica la cantidad de luz emitida al añadir una base a la cadena creciente y liberar un PPi. Se añaden los nucleótidos todos a la vez.

En el metodo de secuenciación de Illumina (Solexa)... Ninguna de las respuestas es cierta. Se detecata la adición de de un nucleótido por fluorescencia. Son necesarios lavados de la placa entre cada nucleótido añadido. Se detecata la adición de un nucleótido por luminiscencia.

Para cuantificar la expresión de un gen por RT-PCR a tiempo real. Sabremos si un gen se sobreexpresa o está reprimido. Utilizamos el metodo de calculo delta-delta Ct. Necesitamos comparar la condición problema con la control. Todos las respuestas son ciertas.

Los enzimas de restricción de tipo 11... son diseñados por ingeniería genetica para cortar el DNA par donde decida el investigador. las secuencias de reconocimiento estan alejadas de la zona de carte. necesitan ATP para realizar el corte o rotura del enlace fosfodiester. Todas las respuestas son falsas.

Los enzimas de restricción... diferentes enzimas de restricción pueden reconocer las mismas secuencias pero generar extremos incompatibles. cortan el DNA generando extremos cohesivos o romos. diferentes enzimas de restricción pueden reconocer secuencias diferentes pero generar extremos compatibles. Todas las respuestas son ciertas.

Si utilizamos el plasmido pBR322 para clonar un fragmento de ADN, y hacemos una selección por replica-plating seleccionando aquellas colonias que han crecido en una placa con ampicilina pero que no han crecido en placas con tetraciclina, el fragmento clonado lo hemos introducido.. el lugar de multiple clonación. con este plasmido no se puede hacer este tipo de selección. en el interior de la region que proporciona resistencia a tetraciclina. en el interior de la region que proporciona resistencia a ampicilina.

La lipofection es un metodo... para introducir ADN en celulas eucariotas, basado en vesiculas de lipidos catiónicos. para introducir ADN en procariotas, basado en vesiculas de polímeros aniónicos. para introducir ADN en celulas, basado en la infección por virus. para introducir Iípidos en celulas, basado en la creación de microporos en la membrana.

Para introducir el DNA recombinante a partir de un vector tipo cósmido en una celula solemos... introducirlos por electroporación. realizar empaquetamiento in vitro. ninguna de las respuestas anteriores es cierta. utilizar el metodo del cloruro de calcio.

Las DNA ligasas... Ninguna de las respuestas es cierta. Unen un extremo 3'P con uno 5'OH. son mucho mas eficientes uniendo extremos cohesivos que extremos romos. no necesitan aporte de energía para reparar el esqueleto carbonado del DNA.

Una de las tecnicas de la selección de fagos recombinantes es la selección sabre el tamano del fago lambda. Indica cual de las respuestas es falsa. El uso de esta tecnica requiere que el vector contenga al menos tres sitios COS. La inserción del vector en el fago se realiza mediante empaquetamiento in vitro. Esta tecnica se utiliza cuando el objetivo es crear una librería genica. Una de las ventajas de la tecnica es que se previene la auto-ligación del vector sin inserto.

Indica cual de las afirmaciones es falsa sabre las metodos de transfeccion celular para introducir el DNA recombinante en una celula. En las metodos químicos el DNA entra en la celula par endocitosis. En las metodos físicos el DNA entra en la célula mecanicamente. El metodo del DEAE dextrano tiene alta efciciencia pero requiere aparataje complejo. Un metodo barato y sencillo aunque con baja eficiencia es el del fosfato de calcio.

Algunos vectores de levaduras deben replicarse en E. coli... siempre que sean vectores que se integran en el genoma de la levadura. Todas las respuestas son ciertas. antes de transformarlos en levaduras. para aumentar su numero de copias.

Para expresar una proteína recombinante en plantas hay que usar un promotor... constitutivo coma el GAL. inducible, coma las promotores de las genes de opinas OCS o Nos. fuerte y util en cualquier tipo de plantas, coma el de la actina-1. ninguna de las respuestas es cierta.

Para insertar un gen mediante gene targeting en levaduras... Es necesario que el gen este flanqueado par dos regiones de selección para la levadura. No se puede hacer gene targeting en levaduras. Es necesario que el inserto este flanqueado par dos regiones de recombinación homóloga para un gen esencial para el crecimiento de la levadura. Es necesario que el inserto este flanqueado por dos regiones de recombinación homóloga para un gen de la levadura.

Los YACs suelen contener dos marcadores de selección coma TRP y URA para: Ninguna de las respuestas es cierta. Poder seleccionar las levaduras que han adquirido el vecior recombinante. En este caso se utilizaria un medio minimo sin uracilo ni triptófano. Poder seleccionar las levaduras que han adquirido el vector recombinante. En este caso se utilizaría un media mínimo pero con uracilo y triptotano. Poder seleccionar las levaduras no recombinantes.

Un vector desarmado derivado del plasmido Ti.... se le han eliminado las genes Vir, pero mantiene el origen de replicacion en plantas. se le han eliminado las genes Vir, pero mantiene el origen de replicacion en bacterias. contiene la region con los genes Vir, pero se le han eliminado los oncogenes. contiene la region con oncogenes y genes de la síntesis de opinas, pero se le han eliminado los genes Vir.

La ingenieria genetica en plantas... Permite producir proteínas humans coma bioreactores. Facilita el estudio basico del metabolismo de las plantas. Permite modificar las caracterfsticas de cultivos para favorecer la industria tecnoalimentaria. Todas las respuestas son ciertas.

Se puede modificar las caracterfsticas de las cultivos de plantas para mejorar sus propiedades... Creando plantas transgenicas par adicion de nuevos genes. Creando plantas transgenicas par inactivacion de genes. Aplicando la tecnología antisentido. Todas son ciertas.

La tecnica de produccion de ADN en plantas mediante el bombardeo con microproyectiles se llama... No existe esta tencnica. Biolistica. Phitoshooting. DNA shooting.

Que ventaja presenta la expression de una protefna humana en Pichia pastoris frente a la expresion en un sistema procariota. No presenta ninguna ventaja especial. Que P. Pastoris es una levadura y por lo tanto puede hacer modificaciones típicas de organismos eucariotas como glicosilación. Que las procariotas NO pueden expresar proteínas humanas en grandes cantidades. Que P. Pastoris es una línia celular humana, y par lo tanto la proteína expresada seguro que sera funcional.