genetica 2015

La seqüència de DNA que reconeix un enzim de restricció no està present en el genoma del bacteri que ho expressa. V. F.

Els enzims fosfatases eliminen en fosfat en posició 5’ del DNA. V. F.

El fragment Klenow és una RNA polimerasa depenent de DNA. V. F.

L’enzim transcriptasa reversa es va aïllar originalment a partir de E.coli. V. F.

L’enzim T7 RNA polimerasa està codificat en el genoma de qualsevol bacteri. V. F.

En una llibreria de DNA genòmic (genoteca) obtinguda a partir d’hepatòcits humans trobarem representats tots els gens humans. V. F.

Els plasmidis utilitzats per clonatge solen contenir un gen que proporciona resistència a un antibiòtic. V. F.

En el sistema de selecció blanc/blau dissenyat per als vectors tipus Bluescript, funciona amb qualsevol tipus de soca bacteriana. V. F.

Les colònies transformades per un plasmidi Bluescript tipus silvestre (wild type) han de ser de color blanc en un mitjà de creixement que contingui X-gal. V. F.

En el sistema Gateway, els vectors que contenen seqüències attB es combinen sempre amb els que tenen seqüències attP. V. F.

La tècnica de mutagènesi QuickChange és una reacció de PCR. V. F.

La tècnica de la mutagènesi QuickChange (primer de doble cadena) utilitzem una polimerasa termostable. V. F.

En l’experiment de Michael Smith (site directed mutagènesi, 1993) es va utilitzar la nucleasa S1 per digerir l’DNA monocatenari (ssDNA) que no havia estat replicat. V. F.

La tècnica de casset mutagènesi necessita de la utilització d’enzims de restricció. V. F.

Una de les limitacions de phage display és que la seqüència d’aminoàcid que s’analitza no pot ser molt llarga. V. F.

En una reacció de PCR no es pot utilitzar DNA monocatenari (ssDNA) com a motlle per l’amplificació. V. F.

En una reacció de PCR, i després de completat el primer cicle, tindrem 1 producte de PCR. V. F.

PCR permet determinar de forma ràpida el genotip de marcadors polimòrfics. V. F.

Si la temperatura d’hibridació (annealing) és massa alta, la PCR produirà poc o gens de producte. V. F.

La seqüencia de l’extrem 5’ d’un primer es pot modificar a voluntat (add on mutagènesis). V. F.

La Taq polimersa no té capacitat correctora de proves. V. F.

PCR invers permet accedir a DNA adjacent a una seqüència coneguda. V. F.

El RACE és un mètode per a determinar la velocitat de les polimerases termostables. V. F.

Al RT-PCR, els “random hexàmers” nomes funcionen amb rMRNA. V. F.

La Ct és sempre un nombre senceR. V. F.

L’etiqueta en una proteïna de fusió que s’expressa en procariota està normalment a l’extrem carboxil. V. F.

Els polylinkers [lloc múltiple de clonatge (MCS)] dels plasmidis pGEX4T1, pGEX4T2 i pGEX4T3 codifiquen pel mateix marc obert de lectura (ORF). V. F.

L’enzim enteroquinasa està codificada pels plasmidis d’expressió procariota. V. F.

Per alliberar l’etiqueta d’una proteïna de fusió: com menys complexa sigui la seqüència peptídica reconeguda per la proteasa, menys probable és que trobem aquesta seqüència en la proteïna que pretenem expressar. V. F.

Les ribosondes són de cadena senzilla amb un marcatge intern i uniforme. V. F.

Les ribosondes es sintetitzen per transcripció in vitro d’un motlle de DNA amb una RNA polimerasa vírica. V. F.

Les ribosondes, a diferència de les sondes marcades per nick-translation o random priming, contenen en un únic fragment la totalitat de la sonda. V. F.

Els indicadors més utilitzats per marcar sondes d’àcids nuclèics són els anticossos anti- digoxigenina i l’estreptavidina. V. F.

Les sondes emprades en els anàlisis d’expressió gènica han d’estar presents en excés respecte de les seqüències diana amb les que s’espera que hibridin. V. F.

Les sondes emprades en un anàlisi d’expressió gènica mitjançant microarrays es marquen amb molècules fluorescents. V. F.

Quan es fan servir arrays de tipus spotted, les mostres d’RNA (cDNA) problema i control s’hibriden seqüencialment sobre el mateix array. V. F.

Les sondes dels arrays d’Affymetrix són oligonucleòtids sintetitzats in situ. V. F.

Els arrays d’Affymetrix són del tipus Whole Genome Tiling Array. V. F.

Les sondes mismatch dels arrays d’Affymetrix permeten determinar quines sondes perfect match es comporten de forma específica i quines no. V. F.

Un heat map no es pot generar a partir de dades d’expressió gènica obtingudes emprant microarrays d’Affymetrix perque les mostres problema i control estàn etiquetades amb el mateix marcador fluorescent. V. F.

Un heat map és una representació gràfica de dades d’expressió gènica en la que els valors d’expressió individuals es representen amb un determinat codi de colors i agrupats en una matriu. V. F.

Quan s’utilitzen arrays per detectar SNPs, en determinats casos les sondes es marquen després d’hibridar-les amb la mostra que s’està analitzant. V. F.

L’objectiu primari de l’etapa de sonicació en un experiment de ChIP-on-chip o de ChIP-seq és reduir la viscositat de la cromatina. V. F.

Les tècniques de ChIP-on-chip i ChIP-seq s’utilitzen per determinar seqüències de DNA que interaccionen amb proteïnes. V. F.

Totes les etapes següents són necessàries abans de seqüenciar una mostra genòmica amb una plataforma de seqüenciació massiva de segona generació: Obtenció del DNA i digestió enzimàtica, fraccionament electroforètic, aïllament i clonatge del conjunt de fragments de la mida adequada, i amplificació per PCR. V. F.

El coverage és un paràmetre numèric que indica el número teòric de vegades que cada base d’una mostra s ́ha seqüenciat. V. F.

En l’àmbit de la transcriptòmica, els microarrays permeten obtenir el mateix tipus d’informació que proporciona un experiment de RNA-seq. V. F.

Un singleton és una seqüència que s’obté una sola vegada dins el conjunt de seqüències obtingudes en una experiment de seqüenciació massiva. V. F.

Quan més curtes són les lectures de seqüència més gran ha de ser la profunditat de seqüenciació per tenir garanties de que totes les bases de la mostra es llegeixen al menys una vegada. V. F.

La plataforma Illumina permet obtenir quantitats de seqüència de l’ordre de gigabases en cada run, mentre que la plataforma Roche 454 produeix de l’ordre de megabases. V. F.

En les plataformes de seqüenciació massiva els clusters de fragments que es volen seqüenciar es distribueixen a l’atzar sobre la flow cell. V. F.

La plataforma Illumina fa servir nucleòtids fluorescents amb el grup hidroxil-3’ bloquejat químicament. V. F.

En la plataforma 454 les microesferes (capture beads) sobre les que es farà la PCR en emulsió estan recobertes amb quantitats iguals dels dos oligonucleòtids complementaris als adaptadors A i B units als extrems dels fragments que s’han de seqüenciar. V. F.

En la plataforma 454, cada vegada que s’afegeix un determinat nucleòtid hi ha emissió de llum en tots els pouets de la flow cell. V. F.

Les insercions o delecions de bases (InDels) són els errors més habituals que es troben en les seqüències obtingudes mitjançant la plataforma 454. V. F.

El paired-end sequencing és un concepte que no pot aplicar-se a la seqüenciació convencional mitjançant el mètode de Sanger. V. F.

El projecte dels 1000 genomes pretén generar un catàleg de les anomalies genètiques més freqüents en els tumors responsables dels 50 tipus/subtipus de cancer amb més importància clínica i social. V. F.

L’estratègia d’elecció per determinar si el genoma d’un tumor conté una mutació coneguda es reseqüenciar-lo totalment emprant una aproximació de seqüenciació massiva. V. F.

L’objectiu principal de la metagenòmica es determinar la seqüència de tots els gens que codifiquen enzims implicats en el metabolisme dels microorganismes que viuen en diferents hàbitats. V. F.

Per quantificar l’expressió dels gens d’un genoma mitjançant RNA-seq s’ha de contar el número de seqüències (reads) corresponents a cada gen i normalitzar els valors resultants tenint en compte la profunditat de la seqüenciació i la mida dels transcrits. V. F.

Les seqüències obtingudes en una experiment de RNA-seq són singletons que no necessiten ser ensamblats per reconstruir els mRNAs del transcriptoma. V. F.

La seqüenciació de l’exoma d’un individu permet identificar totes les variacions de seqüència existents en el seu genoma. V. F.

Les cèl·lules obtingudes a partir d'un teixit animal no creixen indefinidament. V. F.

Un percentatge elevat de cèl· lules d'un cultiu secundari es transforma espontàniament generant una línia immortalitzada. V. F.

Moltes de les línies cel·lulars contínues tenen un origen tumoral. V. F.

Les cèl·lules en cultiu pateixen un procés de desdiferenciació progressiva. V. F.

Les línies cel.lulars poden ser mantingudes indefinidament a -20 °C. V. F.

La transfecció per fosfat càlcic proporciona una elevada eficiència. V. F.

El DNA transfectat s'expressa de manera transitòria durant mesos. V. F.

El destí majoritari del DNA transfectat és l'expressió estable. V. F.

Tot el DNA exogen introduït en les cèl·lules mitjançant transfecció, s'insereix en el genoma de la cèl lula. V. F.

La presència de ganciclovir en el medi permet la supervivència de les cèl·lules que expressen la timidina kinasa. V. F.

El gen Neo (neomycin phosphotransferase) proporciona resistència a geneticina (G418). V. F.

El nivell d'expressió d'un transgèn és el mateix en totes les colònies generades en un procés de selecció d'estables. V. F.

El sistema Tet-On Tet-Off està basat en la utilització d'una versió modificada del repressor de l'operó tetraciclina. V. F.

L'expressió mitjançant adenovirus és transitòria. V. F.

El genoma dels retrovirus s'insereix en el genoma de la cèl·lula infectada. V. F.

La transducció amb baculovirus permet l'expressió de gens en cèl·lules humanes. V. F.

Els retrovirus es mantenen en la cèl lula hoste com replicóns extracromosòmics. V. F.

En cèl·lules de mamífers la introducció de dsRNAs llargs (més de 30 nt) permet la inhibició específica de la traducció d'un mRNA concret. V. F.

En C. elegans es pot produir la interferència gènica mitjançant l'alimentació dels cucs amb bacteris que expressen els dsRNAs. V. F.

Els miRNAs són RNAs eucariotes no codificants que regulen l'expressió gènica. V. F.

Tots els miRNAs es produeixen a partir del transcrit de gens codificants. V. F.

Els ribozims són les eines més utilitzades actualment per induir pèrdua de funció. V. F.

La ruptura del DNA genòmic mitjançant nucleases produeix l’activació dels sistemes de reparació de DNA. V. F.

La recombinació homòloga permet la modificació del genoma dirigida a regions concretes mitjançant seqüències homòlogues. V. F.

Les ZFNs contenen un domini nucleasa de l'enzim FokI. V. F.

El sistema CRISPR / Cas és un sistema de defensa enfront d'infeccions víriques present en cèl·lules de mamífer. V. F.

Les mutacions inespecífiques (off-target mutations) és una de les principals preocupacions en l'edició genòmica per CRISPR / CAS9. V. F.

Tots els animals transgènics de la F0 originats a partir de cèl·lules mare embrionàries (ESC) són capaços de transmetre el transgen a la seva descendència. V. F.

Tots els ratolins knockout mostren un fenotip atribuïble a la pèrdua de funció del gen en qüestió. V. F.

L'expressió d'un transgen es pot veure condicionada pel nombre de còpies que són integrades i pel lloc d'integració en cada línia transgènica que es genera. V. F.

El gene trapping permet la generació aleatòria de fenotips mutants. V. F.

Les cèl·lules ES reimplantades en un blastocist contribuiran a la formació del nou embrió, generant així un animal quimera. V. F.

Els descendents dels animals transgènics quimera són també animals quimera. V. F.

Els enzims de restricció es denominen per tres lletres que es designen a l'atzar. V. F.

Els enzims EcoRI (GAATTC) i FunII (GAATTC) són Isoschizomers. V. F.

La seqüència CAATTG (EcoRI) es troba en el genoma d'E coli (que té unes 6.106 parells de bases) més de 1000 vegades. V. F.

L'enzim de restricció XhoI (C*TCGAG) genera extrems 5' protuberants. L'asterisc indica el punt de tall. V. F.

L'enzim de restricció PvuI (CGAT*CG) genera extrems 3' compatibles amb extrems PACI (TTAAT*TAA). L'asterisc indica el punt de tall. V. F.