Metagenómica

DNA mapping​ es.

Funtional profile (también conocido como anotación funcional)​.

DNA Sequencing​. Ayudar a comprender la organización de un genoma o las similitudes y diferencias entre varios genomas. Proporciona la detección de patrones globales, características o regiones de interés en función de diversas métricas. Representación circular de uno o varios genomas. Técnica de laboratorio para determinar la secuencia exacta de nucleótidos o bases en una molécula de ADN.

DNA Sequencing​.

Funtional profile (también conocido como anotación funcional)​. Ayudar a comprender la organización de un genoma o las similitudes y diferencias entre varios genomas. Proporciona la detección de patrones globales, características o regiones de interés en función de diversas métricas. Representación circular de uno o varios genomas. Implica la identificación y cuantificación de componentes funcionales dentro de los datos metagenómicos.

Funtional profile (también conocido como anotación funcional)​ Esencial para comprender: Funcionalidad microbiana ​. Interacción con el huésped. Asociación fenotipo-genotipo. Progreso de la enfermedad. Representación de varios genomas.

Byproduct profile.

Byproduct profile. Ayudar a comprender la organización de un genoma o las similitudes y diferencias entre varios genomas. Proporciona la detección de patrones globales, características o regiones de interés en función de diversas métricas. Representación circular de uno o varios genomas. Determina qué subproductos se liberan al medio ambiente.

El genoma procariota puede ser tan pequeño y simple como: ​el genoma de 121 kb de Candidatus Nasuia deltocephalinicola; El genoma procariota puede ser tan grande y complejo como: ​el genoma de 16 Mb de Minicystis rosea. V; F. F; V. V; V. F; F.

El tamaño del genoma de hongos va de 10 a 60 Mbp; El núm de cromosomas en un hongo varia:​ va de 3 a 20​. V; F. F; V. V; V. F; F.

El núm de cromosomas en un hongo varia:​.

Taxonomic profiling.

La cavidad oral... Ayudar a comprender la organización de un genoma o las similitudes y diferencias entre varios genomas. Determina qué subproductos se liberan al medio ambiente. Es una de las comunidades de microbios más diversas, únicas y complejas del cuerpo humano.​. Proporciona información sobre la composición taxonómica de muestras completas de metagenomas y estima la abundancia relativa de los taxones detectados.

La cavidad oral...

Un mililitro de saliva contiene aproximadamente ..., y diversos estudios han detectado hasta 700 taxones procariotas distintos, con un microbioma sano típico compuesto por entre 100 y 200 organismos bacterianos distintos.

Según Ptasiewicz et al., 2022 ¿En qué parte de la boca encontramos a Streptococcus sp?. garganta. dorso dela lengua. amígdalaspalatinas. saliva. paladarduro. mucosabucal. En todo.

Según Ptasiewicz et al., 2022 ¿En qué parte de la boca encontramos a Gemella sp?. garganta. dorso dela lengua. amígdalas palatinas. saliva. paladarduro. mucosa bucal.

Según Ptasiewicz et al., 2022 ¿En qué parte de la boca encontramos a Veillonella sp?. garganta. dorso dela lengua. amígdalas palatinas. saliva. paladarduro. mucosa bucal.

Según Ptasiewicz et al., 2022 ¿En qué parte de la boca encontramos a Neisseria sp?. garganta. dorso dela lengua. amígdalas palatinas. saliva. paladarduro. mucosa bucal.

Según Ptasiewicz et al., 2022 ¿En qué parte de la boca encontramos a Haemophilus sp?. garganta. dorso dela lengua. amígdalas palatinas. saliva. paladarduro. mucosa bucal.

T o F: El perfil taxonómico (PT) contiene una lista de los taxones detectados en una muestra; el PT también estima las abundancias relativas, así como varios índices de diversidad. F; T. F; F. T; F. T; T.

La higiene oral y el flujo de la saliva son elementos que influencian cambios en la composición oral ¿de qué factor forman parte?. Edad. Ambiente. Hábitar. Formación de biofilm.

Concepto que determina qué productos o metabolitos se liberan al medio ambiente. mapeo del DNA. secuenciación del DNA. perfil por producto. perfil funcional.

El perfil funcional nos ayuda a comprender: Progreso de la enfermedad. Determinar la secuencia exacta de nt. La composición taxonómica de las muestras. La interacción con el huésped.

V o F: el virus del sarampión tiene DNA monocatenario; el rotavirus causante de diarrea infantil tiene RNA bicatenario. F; T. F; F. T; F. T; T.

¿Cómo se le denomina a los m.o. que colonizan la zona oral entre 3-6 meses de vida?. Comunidad clímax. Primeros colonizadores. Segundos colonizadores. Comunidad pionera. Comunidad de la erupción de piezas dentarías.

La comunidad de m.o. provenientes de la membrana mucosa y sistema urogenital durante el nacimiento de un bebé se le conoce: Comunidad clímax. Primeros colonizadores. Segundos colonizadores. Comunidad pionera. Comunidad de la erupción de piezas dentarías.

¿Cuáles son los factores que contribuyen a la adquisición y establecimiento de un microbioma personalizado?. Desarrollo del sistema inmune. Antecedentes prenatales. Factores ambientales. Genética del hospedero.

Son factores que influyen en una disbiosis dental: Diversidad microbiana y de cél inmunes. Perdida de tejido. Enriquecimiento microbiano y de cél inmunes. Todas las anteriores.

V o F:En saliva de adultos sanos: Clostridiales y Selenomonas son encontrados en mayor abundancia;Prevotella y Streptococcus son menos representados. F; T. F; F. T; F. T; T.

Según Paster et al., 2006 Simosiella muelleri es una bacteria... ubicua. sitioespecífica. reside en el paladar suave. reside en el paladar duro. reside en las amigdalas.

Comunidad pionera. Newborn. 0-3 months. 3-6 months. Erupción de las piezas dentarias​. Comunidad climax​.

Primeros colonizadores​. Newborn. 0-3 months. 3-6 months. Erupción de las piezas dentarias​. Comunidad climax​.

Segundos colonizadores​. Newborn. 0-3 months. 3-6 months. Erupción de las piezas dentarias​. Comunidad climax​.

Erupción de las piezas dentarias​. Newborn. 0-3 months. 3-6 months. Aparición de los dientes de leche. Comunidad climax​.

Factores variables que influyen en la distribución:​ Promueven o limitan el desarrollo.​. Newborn. 0-3 months. 3-6 months. Aparición de los dientes de leche. Comunidad climax​.

Diversidad microbiana (¿Quién esta ahí?). Variedad de spp microbianas que existen en un lugar y su distribución. Red compleja de interacciones. Relaciones entre m.o.: positivas, negativas o neutras.

Comunidad microbiana (¿Qué pueden hacer?). Variedad de spp microbianas que existen en un lugar y su distribución. Red compleja de interacciones. Relaciones entre m.o.: positivas, negativas o neutras.

Comunidad microbiana (¿Qué pueden hacer?).

interacciones microbianas (¿Quiénes conviven y cómo lo hacen?​). Variedad de spp microbianas que existen en un lugar y su distribución. Red compleja de interacciones. Relaciones entre m.o.: positivas, negativas o neutras.

interacciones microbianas (¿Quiénes conviven y cómo lo hacen?​).

MAGs (Genomas ensamblados a partir de metagenomas).

SAGs (Genomas amplificados de células individuales).

¿Qué es la metataxonomía?.

¿Qué es la metataxonomía?. Es una técnica que usa la secuenciación de genes marcadores (como 16S rRNA) para identificar microorganismos en una muestra. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales.

SAGs (Genomas amplificados de células individuales). Es una técnica que usa la secuenciación de genes marcadores (como 16S rRNA) para identificar microorganismos en una muestra. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales.

MAGs (Genomas ensamblados a partir de metagenomas). Es una técnica que usa la secuenciación de genes marcadores (como 16S rRNA) para identificar microorganismos en una muestra. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales.

Metataxonomía. Pros:. Contras:.

¿Qué analiza la metagenómica?.

¿Qué analiza la metagenómica?. Es una técnica que usa la secuenciación de genes marcadores (como 16S rRNA) para identificar microorganismos en una muestra. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales. La diversidad y funciones de una comunidad microbiana completa.

Metagenómica. Pros:. Contras:.

¿Qué es la metatranscriptómica?.

¿Qué es la metaproteómica?.

Metatranscriptómica. Pros:. Contras:.

¿Qué es la metatranscriptómica?. Es una técnica que usa la secuenciación de genes marcadores (como 16S rRNA) para identificar microorganismos en una muestra. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales. Es el estudio del ARN microbiano para analizar la expresión génica y las funciones microbianas en un ambiente determinado.

¿Qué es la metaproteómica?. Es el estudio de todas las proteínas presentes en una comunidad microbiana para entender su función y su interacción con el entorno. Se obtienen al aislar una célula, amplificar su ADN y luego secuenciarlo. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales. Es el estudio del ARN microbiano para analizar la expresión génica y las funciones microbianas en un ambiente determinado.

Metaproteómica. Pros:. Contras:.

¿Qué es la metaviromica?. Es el estudio de todas las proteínas presentes en una comunidad microbiana para entender su función y su interacción con el entorno. Es el estudio de comunidades virales en distintos entornos a través del análisis de su material genético. Se obtienen al secuenciar y ensamblar ADN metagenómico sin aislar células individuales. Es el estudio del ARN microbiano para analizar la expresión génica y las funciones microbianas en un ambiente determinado.

¿Qué es la metaviromica?.

Metaviromica. Pros:. Contras:.

¿Cuál es la función principal del ribosoma en la célula? A) Regular la expresión génica B) Sintetizar proteínas a partir del ARNm C) Degradar proteínas defectuosas D) Almacenar información genética. A). B). C). D).

¿Qué porcentaje de los ribosomas procariotas está compuesto por ARNr? A) 25% B) 50% C) 65% D) 80%. A). B). C). D).

¿Cuáles son las subunidades que conforman el ribosoma procariota? A) 60S y 40S B) 70S y 30S C) 50S y 30S D) 50S y 40S. A). B). C). D).

¿Qué moléculas de ARNr contiene la subunidad grande (50S) del ribosoma procariota? A) 16S B) 5S y 23S C) 18S y 28S D) 5S y 16S. A). B). C). D).

¿Por qué el ARNr 16S es utilizado en estudios filogenéticos? A) Porque tiene regiones altamente variables y conservadas B) Porque solo está presente en bacterias C) Porque es más grande que otras moléculas de ARNr D) Porque no sufre mutaciones. A). B). C). D).

¿Quién demostró la utilidad del ARNr 16S en filogenia procariota? A) James Watson B) Carl Woese C) Francis Crick D) Rosalind Franklin. A). B). C). D).

¿Qué dominio filogenético fue descubierto gracias al estudio del ARNr 16S? A) Bacteria B) Eukarya C) Archaea D) Virus. A). B). C). D).

¿Cuál de las siguientes es una característica importante del ARNr 16S? A) Se encuentra en todos los organismos eucariotas B) Está altamente sujeto a transferencia lateral de genes C) Es altamente conservado en ciertas regiones D) Su secuencia cambia constantemente en toda la molécula. A). B). C). D).

¿Cuántas regiones variables se encuentran en la molécula de ARNr 16S? A) 5 B) 7 C) 9 D) 12. A). B). C). D).

¿Qué tecnologías han mejorado la secuenciación del ARNr 16S? A) Sanger y PCR B) PacBio y Oxford Nanopore C) CRISPR y PCR D) Microarrays y Southern Blot. A). B). C). D).

¿Por qué es necesario amplificar el gen ARNr 16S en estudios de perfil microbiano? A) Para eliminar fragmentos no deseados del genoma B) Para obtener suficiente información genética relevante C) Para modificar la secuencia genética de los microorganismos D) Para inhibir la expresión de genes no deseados. A). B). C). D).

¿Qué técnica se utiliza para amplificar el gen ARNr 16S? A) Electroforesis en gel B) Secuenciación de Sanger C) PCR D) Hibridación in situ. A). B). C). D).

¿Por qué el tamaño del amplicón de PCR puede variar? A) Debido a la técnica de NGS utilizada y otras consideraciones técnicas B) Porque el ARNr 16S cambia constantemente su estructura C) Porque la PCR no es una técnica estable D) Debido a la variabilidad de los ribosomas en diferentes especies. A). B). C). D).

¿Cuál era una de las principales limitaciones de las técnicas NGS aplicadas al perfil microbiano hasta hace poco? A) No podían detectar microorganismos anaerobios B) No permitían secuenciar todo el ARNr 16S en una sola lectura C) Solo funcionaban con bacterias grampositivas D) No podían amplificar ADN procariota. A). B). C). D).

¿Qué recurso ayuda a seleccionar cebadores adecuados para la amplificación del ARNr 16S? A) La base de datos de perfiles metabólicos B) Un repositorio de secuencias de genes C) La base de datos de sondas y cebadores probados experimentalmente D) Un catálogo de proteínas ribosómicas. A). B). C). D).

¿Cuáles son las tres fuentes de sesgo al seleccionar una región para la taxonomía en perfiles microbianos? A) Longitud del ADN, estructura del ARNr y temperatura óptima B) Universalidad de los cebadores, eficiencia de amplificación y cantidad de información en la región seleccionada C) Tipo de NGS, método de tinción y temperatura de reacción D) Composición química del ADN, número de genes y velocidad de replicación. A). B). C). D).

¿Cuál es el principal problema con la universalidad de los primers en estudios de perfil microbiano? A) Pueden amplificar secuencias no deseadas del ADN B) No siempre coinciden con todos los taxones de la muestra C) Inhiben la reacción de PCR D) Solo funcionan con bacterias gramnegativas. A). B). C). D).

¿Cómo pueden los investigadores mejorar la cobertura de los primers utilizados en la amplificación del ARNr 16S? A) Utilizando un solo par de primers universal B) Diseñando primers especializados para taxones específicos C) Aumentando la temperatura de annealing en la PCR D) Eliminando las regiones variables del ARNr 16S. A). B). C). D).

¿Por qué la amplificación del ARNr 16S puede afectar los perfiles de abundancia y la diversidad alfa? A) Porque los primers pueden amplificar algunos taxones más que otros B) Porque la PCR destruye parte del ADN amplificado C) Porque la secuenciación NGS solo capta fragmentos pequeños D) Porque los taxones con más ADN siempre se amplifican primero. A). B). C). D).

¿Cuál de las siguientes estrategias puede ayudar a reducir problemas de amplificación en la PCR? A) Usar una combinación de diferentes primers B) Aumentar la cantidad de ciclos de PCR indefinidamente C) Mantener la temperatura de annealing alta D) Usar solo una muestra de ADN para la amplificación. A). B). C). D).

¿Cómo puede afectar la elección de la región del ARNr 16S a la interpretación de los resultados? A) Puede influir en la cantidad de información obtenida y la precisión filogenética B) No tiene ningún impacto en el análisis, ya que todas las regiones son equivalentes C) Solo afecta a la velocidad de la reacción de PCR, pero no a los resultados D) Afecta únicamente la longitud de la secuencia amplificada, sin cambiar la taxonomía. A). B). C). D).

¿Por qué la contaminación del ADN en los kits de extracción puede generar problemas en la amplificación del ARNr 16S? A) Porque la contaminación puede competir con las muestras reales en la PCR B) Porque el ADN contaminante bloquea la polimerasa C) Porque la contaminación hace que la muestra se degrade más rápido D) Porque la contaminación solo afecta a muestras de alta biomasa. A). B). C). D).

¿Cómo se puede minimizar el impacto del ADN contaminante en estudios de perfil microbiano? A) Usando muestras con mayor concentración de ADN B) Procesando blancos sin plantilla en paralelo con las muestras C) Aumentando la cantidad de ADN en la PCR D) Usando solo reactivos sin contaminantes. A). B). C). D).

¿Por qué es importante considerar el bioma al elegir la región del ARNr 16S a secuenciar? A) Porque diferentes biomas tienen distintos niveles de diversidad microbiana B) Porque algunos biomas no contienen bacterias con el gen ARNr 16S C) Porque los primers funcionan igual en todos los biomas D) Porque todas las regiones del ARNr 16S contienen la misma cantidad de información. A). B). C). D).

¿Cuál es una estrategia recomendada para maximizar la interpretación de los resultados en estudios de secuenciación? A) Utilizar siempre nuevos protocolos experimentales B) Reutilizar protocolos validados en estudios previos del mismo bioma C) Diseñar primers sin consultar bases de datos previas D) Usar la misma región del ARNr 16S sin importar el tipo de muestra. A). B). C). D).

¿Para qué se utilizan las bases de datos como SILVA y RDP en estudios de perfil microbiano? A) Para verificar si los cebadores pueden amplificar ciertas secuencias taxonómicas B) Para eliminar la contaminación en la amplificación del ADN C) Para diseñar nuevos genes de ARNr 16S D) Para seleccionar muestras con menor diversidad genética. A). B). C). D).

¿Qué par de iniciadores mostró un mejor rendimiento en la amplificación de secuencias del ARNr 16S según el análisis computacional? A) P609D + P699R B) U341F + P609R C) Ambos pares tienen el mismo rendimiento D) Ninguno de los anteriores. A). B). C). D).

¿Por qué la región V4 es preferida para proyectos de secuenciación de un solo extremo? A) Porque tiene una longitud de aproximadamente 250 pb y proporciona buena cobertura filogenética B) Porque es la región más variable del ARNr 16S C) Porque permite amplificar todas las bacterias sin sesgo D) Porque es la única región que puede ser secuenciada con SILVA. A). B). C). D).

¿Cuál es la principal característica de la secuenciación de tercera generación en comparación con generaciones anteriores? A) Genera lecturas más cortas pero con mayor precisión B) Genera lecturas más largas, hasta 100 veces más que la segunda generación C) Es más económica pero menos precisa D) No puede secuenciar ARN, solo ADN. A). B). C). D).

¿Cuáles son las dos tecnologías principales utilizadas actualmente en la secuenciación de tercera generación? A) Illumina y Sanger B) SMRT (Pacific Bioscience) y ONT (Oxford Nanopore Technology) C) Microarrays y PCR digital D) Electroforesis y clonación. A). B). C). D).